Det är det inte mening att det ska. Synkronisera innebär att kopian i datorn ska se likadan ut som den i telefonen. Ett alternativ till att Synkronisera med datorn är att använda iCloud. Då synkroniseras det automatiskt över nätet under natten. Du aktiverar iCloud under Inställningar > iCloud i telefonen.

Ingenting bör försvinna när du synkroniserar, det är väl för att köpiera över appar osv till datan ifall det skulle försvinna. Samt är det bra att Säkerhetskopiera den emellanåt (: